名侦探柯南六大组织有：1.日本警察机关2.FBI3.日本公安4.CIA5.黑衣组织6.少年侦探团。

　　1..日本警察机关

　　警视厅可以说是《名侦探柯南》中最经常出现的组织，代表人物有目暮警官，高木警官，佐藤警官等等。这个组织虽然表面上是战斗在犯罪现场的最前线，但是他们基本上都是靠着侦探破案的，又包括警察厅、警视厅、刑事部、搜查一课、搜查二课、搜查三课交通部等等。

　　虽然《名侦探柯南》的背景是在日本，但是里面也有外国的组织，比如FBI，它全名美国联邦调查局，是世界著名的美国最重要的情报机构之一。在作品中FBI的成员有赤井秀一，朱蒂，詹姆斯，卡迈尔，一般能够加入这个组织的人，都是在某个方面有特殊才能的，门槛比较高。

　　在《名侦探柯南》中，人气角色安室透来自于日本公安，那么日本公安它是一个什么样的组织呢？简单的说，日本的公安就是负责国家安全和情报事务的秘密警察，它们的权力很大，地位比一般的刑事警官的地位要高，所以剧情中安室透可以多次带人去抓赤井。当然，这么强大的组织，门槛自然也不低。

　　CIA，全名美国中央情报局，是世界四大情报机构之一，《名侦探柯南》中角色水无怜奈就是CIA派入黑衣组织的卧底，她的父亲生前也是CIA的成员。这个组织中的成员一般都是高学历的人才，或者是各领域的专家，这样他们在搜集情报的时候成功率才比较高。

　　黑衣组织是《名侦探柯南》中的反派组织，在作品中它可以说是以一己之力在对抗好几个组织，平常需要防着警视厅，组织里面还有FBI，日本公安，CIA的卧底，可以说是很有点惨。不过从这里也可以看出黑衣组织的强大，同时对抗这么多组织还能屹立不倒。

　　最后这个少年侦探团可以说是这些组织中整体实力最弱的，不过它却有一个主角成员柯南，有光环加成。在剧情中，不管少年侦探团遇到了多么危险的事情，只要有柯南在，他们就能够逢凶化吉。